перенесу сюда некоторые из советов.Думаю для многих они будут актуальными.

Существуют специальные средства для дезинфекции помещений.  Они хорошо убирают запах и дезинфицируют. Многие из них можно применять в присутствии животных : Демос, Фиам, TH 4+ Дезавид и многие другие. Можно каждый раз мыть полы с этими средствами и запаха не будет никакого, заодно и профилактика инфекций)

Еще просто обалденный эффект от проточного кварца ( лампа в корпусе, может работать в присутствии животных и людей, пропускает воздух и очищает его от инфекций и запахов). Ставишь в помещение с щеночками... и наслаждаешься свежим воздухом)))

Дома тоже ставлю загончик( 8 секций), стелю покрывала, простыни и стираю в машинке 2 раза в день с этими же средствами вместо порошка.... и очень мечтаю о отдельном щенятнике, с опилками.... и чтобы больше не стирать простыни .

Отгродите небольшим барьерчиком типа огородного то место, куда щенки чаще всего ходят и насыпьте туда гранулированный наполнитель для кошачьих туалетов, древесный Их сейчас выбор очень большой, я много какие перепробовала- никакой разницы нет, хотя и по цене чуть не в разы различаются. Впитывает супер, причем именно удерживает аммиак.
Щенков приучить ходить в такое место очень несложно.
Принцип именно тот, что не щенки в загоне, а их туалет... На одном пакете наполнителя 6-7 щеноков в возрасте 8 недеь живут примерно дня 3...потом надо менять.
На выходе из загона постелите влажную тряпку, чтоб на лапах не растаскивали.
Если так получится организовать, то щенки будут сухие и чистые, мыть не придется.
Я даже как то нашла в свое время место на оптовке, там такой наполнитель был нефасованный, в мешках по 50 кг

раньше тоже жила в квартире ,да и сейчас малыши дома зимой бывают, так что делюсь опытом)
газеты не стелим ни в коем случае, так очень вредная краска, которая при пописах будет размокать , проведите рукой даже по сухой газете ,все руки будут чёрные..
я использую вместо газет обычные коробки бумажные. во-первых хватает их на порядок дольше , всё-таки это не тонкая газетка, на ваши рабочие 4 раза точно хватит , во-вторых они без чёрной краски , всё-таки полезнее..ну тут проблема- где достать коробки в нужном количестве.

Помещение можно мыть, добавляя в воду марганцовку, она хорошо убивает запах. Щенкам я бы отгородила в комнате "угол" определенного размера, чтобы щенкам было свободно. Сделала бы им лежак (он должен быть чуть повыше, чем "выгульная" часть. Обычно щенки быстро соображают, где они спят, должно быть чисто и на лежаке не гадят. Вместо газет теперь миожно использовать такие специальные пеленки для детей, которые типа памперсов -- впитывают влагу. Стоят недорого и очень удобно щенки не пачкаются в писунах. Для того чтоб не рвали, надо им другие игрушки класть, чтоб им было чем заняться. А вообще щенки уже не маленькие, в месяц бы я при такой температуре определила бы их в вольер, который бы застилала толстым слоем стружки, а в будку бы положила солому.

Я использовала простыни (в т.ч. байковые или из других натуральных материалов (не синтетические) купленные на Сэконд-Хенде и простерелизованные. Их цена копейки, при застилании комнаты впитывают влагу, даже если щенки будут таскать края простыней, все равно влаги не будет. Если их часто менять (2 раза в день) и проветривать помещение - запах вполне сносный. Стираются в стиральной машине.